Trước sự trấn áp của triều đình, cuối triều vua Minh Trị, có những người theo chủ nghĩa vô chính phủ-xã hội, gồm Kōtoku Shūsui cùng vợ và hàng chục người đồng chí đã lập mưu ám sát Thiên hoàng và phát động bạo loạn (1910). Tuy nhiên, âm mưu của họ đã không thành và tất cả bọn họ đều bị chính quyền tóm gọn.[6] Vào năm 1911, triều đình Minh Trị hành quyết 12 người,[107] trong đó có Kōtoku Shūsui[107] (Hạnh Đức Thu Thủy) vì tội danh phản nghịch. Cuộc âm mưu này được gọi là "Sự kiện đại nghịch" (大逆事件, Taigyaku Jiken) hay "Sự kiện Kōtoku" (Kōtoku Jiken). Trước đó, ngày 3 tháng 11 năm 1907 - nhân ngày sinh nhật Thiên hoàng - một số nhân vật liên quan tới tạp chí "Cách mạng" (Kakumei) cộng tác với Đảng Xã hội Cách mạng Nhật tại Hoa Kỳ, đã công bố một tờ truyền đơn tựa "Khủng bố" (Ansatsushugi) đe doạ thực hiện một cuộc tấn công có vũ trang nhằm vào Thiên hoàng. Tờ truyền đơn này chỉ gọi Thiên hoàng bằng tên thật là Mutsuhito, và cuối tờ có lời đe dọa:

Mutsuhito, Mutsuhito đáng thương! Thiên hoàng sẽ không còn sống được bao lâu nữa đâu. Xung quanh Thiên hoàng chỉ toàn là những quả bom chuẩn bị nổ. Chúng tôi xin nói lời từ biệt với Thiên hoàng. - Tờ truyền đơn "Ansatsushugi" (1907)

Vào ngày 30 tháng 7 năm 1912, ông qua đời[108] do bệnh ung thư dạ dày, hưởng thọ 60 tuổi, được đặt thụy hiệu là Minh Trị Thiên hoàng. Ông là vị Thiên hoàng đầu tiên ở ngôi qua ngũ tuần, kể từ khi Thiên hoàng Ōgimachi (Chính Thân Đinh, 1517 – 1593) thoái vị năm 1598. Ngay sau khi vua mất, Đại tướng Lục quân Nhật Bản là Nogi Maresuke mổ bụng tự sát. Cái chết của Nogi Maresuke đã thể hiện sự trọng danh dự của người chiến binh Nhật, đồng thời cho thấy Maresuke - không như người ta hiểu - vẫn còn nhớ chuyện vị tướng này phạm lỗi lầm mà không tự sát năm xưa.[13]

Chi tiết về Lễ quốc tang được đăng trong tờ thời báo New York với lời nhận xét:

Tạm dịch:

Hoàng thái tử Yoshihito (Gia Nhân) lên nối ngôi, tức là Thiên hoàng Đại Chính - vị Thiên hoàng thứ 123 trong lịch sử Nhật Bản. Ít lâu sau khi Thiên hoàng Minh Trị và Hoàng hậu Chiêu Hiến qua đời, năm 1920, Thiên hoàng Đại Chính xuống lệnh xây dựng Minh Trị Thần Cung ở quận Harakuju[109] tại kinh đô Tōkyō để tưởng niệm vua cha. Ngày khánh thành Minh Trị Thần Cung cũng đồng thời là ngày kỷ niệm sinh nhật của Thiên hoàng. Đến tháng 4 năm 1945, không quân Hoa Kỳ dội bom xuống Tōkyō, toàn bộ các công trình thời đó bị hủy diệt. Năm 1958, với sự góp sức của toàn dân Nhật Bản, khu điện thờ ngày nay đã được xây dựng lại hoàn toàn mới. Và, từ năm 1927, Thiên hoàng Hirohito (Chiêu Hòa, 1925 - 1989) tuyên bố ngày 3 tháng 11 - sinh nhật của Thiên hoàng Minh Trị - trở thành một ngày lễ mang tên "lễ Minh Trị".